Vùng nguyên nhiễm sắc tham gia vào hoạt động phiên mã của DNA với sản phẩm là các mRNA. Cấu trúc mở cho phép các protein điều hòa gen và các phức hợp RNA polymerase có thể liên kết với chuỗi DNA, sau đó có thể bắt đầu quá trình phiên mã. Không phải tất cả vùng nguyên nhiễm sắc đều nhất thiết phải phiên mã; nhưng nói chung, nếu chúng không được phiên mã, chúng có thể biến đổi thành vùng dị nhiễm sắc để bảo vệ các gen khi đang không sử dụng. Do đó, có một liên kết trực tiếp giữa mức độ hoạt động tích cực của tế bào và lượng nguyên nhiễm sắc có thể tìm thấy trong nhân của nó.

Người ta cho rằng tế bào sử dụng sự biến đổi từ nguyên nhiễm sắc thành dị nhiễm sắc như một phương pháp kiểm soát sự biểu hiện gen và quá trình nhân lên, vì các quá trình này hoạt động khác nhau trên nhiễm sắc thể được đống gói chặt, đây gọi là 'giả thuyết tiếp cận'. Một ví dụ về vùng nguyên nhiễm sắc cơ định là 'luôn luôn bật' là gen giữ nhà, mã hóa cho các protein với các chức năng cơ bản mà tối quan trọng cho sự sống sót của tế bào.